Ассоциация финно-угорских университетов была создана в 2007 году. Инициатором создания выступил Марийский государственный университет.

Первыми членами Ассоциации стали:

• Марийский государственный университет (ректор Макаров В.И.);
• Удмуртский государственный университет (ректор Бунтов С.Д.);
• Сыктывкарский государственный университет (ректор Задорожный В.Н.);
• Югорский государственный университет (ректор Реутов Ю.И.);
• Сомбатхейский педагогический институт им. Д.Бержени (Савария Кампус Западно-Венгерского университета), Венгрия.

В последующие годы Ассоциация расширилась: в 2008 г. к ней присоединился Петрозаводский государственный университет, в 2010 г. — Мордовский государственный университет им. Н.П. Огарёва, в 2011 г. — Университет Восточной Финляндии. В 2013–2022 гг. в состав вошли Коми республиканская академия государственной службы, Глазовский государственный педагогический институт, Уральский государственный лесотехнический университет, Ямальский многопрофильный колледж и Мордовский государственный педагогический университет имени М.Е. Евсевьева. Это расширило географию Ассоциации и вовлекает новые регионы финно-угорских народов в совместные проекты.

Руководящим органом Ассоциации был определен Совет Ассоциации, который избирает Председателя Совета Ассоциации сроком на три года с правом последующего переизбрания. По сложившейся традиции Председателем Совета избирается один из ректоров членов Ассоциации, соответственно университет, возглавляемый данным ректором, на период его полномочий в качестве председателя Совета, возглавляет Ассоциацию финно-угорских университетов.

За время существования Ассоциации работу Ассоциации возглавляли следующие университеты:

• 2007-2009 гг. – Марийский государственный университет (ректор Макаров В.И.);
• 2010-2012 гг. – Удмуртский государственный университет (ректор Бунтов С.Д.);
• 2013-2015 гг. – Мордовский государственный университет имени Н.П. Огарева (ректор Вдовин С.М.);
• 2016-2018 гг. – Петрозаводский государственный университет (ректор Воронин А.В.);
• 2019-2021 гг. – Югорский государственный университет (ректор Карминская Т.Д. (2019-2021), Кучин Р.В (2021));
• 2022-2024 гг. – Сыктывкарский государственный университет имени Питирима Сорокина (ректор Сотникова О.А.);
• с 2025 г. – Марийский государственный университет (ректор Швецов М.Н.).

Важным направлением работы Ассоциации стало активное вовлечение в работу студенческой молодежи. На заседании Совета Ассоциации 18 октября 2012 г., которое прошло на базе Удмуртского государственного университета, Марийский государственный университет выступил с предложением о проведении в апреле 2013 г. I финно-угорского студенческого форума и создании Ассоциации финно-угорских студентов. И в апреле 2013 г. был создан Молодежный совет Ассоциации финно-угорских университетов с целью содействия в реализации проектов Ассоциации, направленных на сохранение и популяризацию среди молодежи традиционных ценностей и культуры финно-угорских народов.

Молодёжный совет включает представителей финно-угорских народов, а также научную молодёжь – аспирантов, магистрантов и исследователей, специализирующихся на изучении финно-угорской языковой культуры и исторического наследия.

В 2016 г. был принят Меморандум о создании сетевого университета и разработке совместных образовательных программ в сетевой форме, благодаря чему начались поиски оптимальных решений по разработке и реализации реализации сетевых программ основного и дополнительного образования.

В 2025 году подписан Меморандум о технологическом партнерстве на 2025-2027 годы. Ассоциация продолжает расширяться, включая новые вузы и реализуя масштабные международные инициативы.